Esiliigas toimus uue hooaja eel kaks muudatust. HÜJK Emmaste teatas, et loobub Esiliiga kohast ja osaleb aastal 2013 Esiliiga B tasemel, mis tähendab, et vabanenud koha saab sportlike tulemuste alusel endale Pärnu Linnameeskond.

Teine muudatus puudutab Kiviõli võistkonna nime: seni Tamme Auto all esinenud meeskond kannab nüüdsest klubi nime, milleks on Kiviõli FC Irbis.

Juba varemalt oli väljalangemisest hoolimata koha säilitanud Tartu Tammeka duubelvõistkond, kes jäi püsima tänu FC Viljandi loobumisele tippjalgpallist.

Esiliiga B tasandist otsustasid loobuda Tartu SK 10 II, Paide Linnameeskond II (varem Paide Kumake) ja Pärnu Linnameeskond II, sportlike tulemuste alusel said koha Tallinna JK Dünamo ja Tallinna FC Flora III (II liiga Ida/Põhi 7. koht Kohtla-Järve JK Alko ühines FC Lootusega).

Esiliiga A tasandi võistkonnad aastal 2013:

Tallinna FC Flora II
Rakvere JK Tarvas
Tartu SK 10
Tallinna FC Levadia II
Kiviõli FC Irbis
FC Puuma
Jõhvi FC Lokomotiv
Viljandi JK Tulevik
Tartu JK Tammeka II
Pärnu Linnameeskond